İnci Otunun köklerinde, litospermin adını taşıyan özel bir kırmızı pigment ihtiva eder, ayrıca lila rengi olan kristalin pigment acetil şikonin bulunur. Bu bitkiden yapılan öz, balmumsu maddeyi, rütozidi, naftokınonları ve fenol karbonik asitleri içerir.